日本学研究所成立于2012年，是专门从事日本语言、文化、社会等相关研究的科研机构。现有科研人员7人，其中具有高级职称的5人，博士6人。研究所经过十余年的发展，形成了以下三个研究方向。
汉日语言对比研究。在所长聂中华教授的带领下，该方向三名研究员深耕汉日句法的对比研究，取得了丰硕成果。获批四项国家社科基金立项，目前均已结项，其中一项结项评价为优秀。在国内外各类期刊发表论文30余篇，出版学术专著4部，译著5部。
日本文学研究。该方向聚焦日本古典文学研究和日本战后文学研究。本所研究员赵季玉博士专注日本古典文学研究，以及中国古典在日本的受容。在文学类顶级期刊《外国文学评论》发表论文“汉诗、和歌与神风：论谣曲《白乐天》的白居易叙事”。
日语教育研究。该方向聚焦面向中国学习者的日语教学及日本教育研究。发表 “语篇结构分析在日语阅读中的作用”、 “中国学生日语词汇学习中的母语迁移探析”、 “日本现行大学入学考试研究”、“日本大学第三者评价的模式及特点”等多篇学术论文。出版专著『日本語の「条件表現」の教え方』（中文译名：《日语条件表达方式的教学法》）。
中心与日本国立国语研究所、大阪大学、关西外国语大学长期保持学术交流，实现研究人员互访，合作完成研究课题，发表学术论文。